U ovoj fazi na području cijele Federacije BiH renovirano je 116, a namještaj je dobilo 128 ambulanti porodične medicine. Ukupno, do sada je renovirano 248, a namještajem opremljeno 274 ambulanti porodične medicine u Federaciji BiH.
Trenutno se priprema i treća posljednja faza u sklopu koje će biti renovirano i opremljeno više od 100 ambulanti porodične medicine.
Projekt jačanja zdravstvenog sektora započet je 2006. godine i trajat će do juna 2010. godine, a implementira ga Federalno ministarstvo zdravstva kreditnim sredstvima Svjetske Banke, Razvojne Banke Vijeća Evrope te lokalnim učešćem federalne i kantonalnih vlada.
Projekt jača primarnu zdravstvenu zaštitu, odnosno uvodi porodičnu medicinu u sve ambulante u Federaciji BiH. Pored renoviranja ambulanti, opremanja namještajem i medicinskim opremom HSEP uključuje i opremanje edukativnih centara porodične medicine, obuku timova porodične medicine iz oblasti porodične medicine i menadžmenta promjena, te edukaciju direktora domova zdravlja u smislu jačanja upravljačkih vještina, kao i niz dodatnih aktivnosti koje unapređuju sistem zdravstvene zaštite i omogućuju bolju uslugu građanima.
Jedan od glavnih ciljeva Projekta jačanja zdravstvenog sektora u Federaciji BiH je modernizacija i povećanje dostupnosti i kvaliteta zdravstvenih usluga stanovništvu na nivou lokalne zajednice.